A l’ère de l’industrie 4.0, les innovations digitales sont au cœur de la transformation numérique des petites, moyennes et grandes entreprises. Le déploiement de ces innovations informatiques digitales (progiciels et outils informatiques) n’est toutefois pas exempt de difficultés, tant au niveau de leur mise en œuvre que de leur adoption. Cette recherche se concentre sur les freins au déploiement d’une innovation informatique particulière, le Manufacturing Execution System (MSE), largement ignoré par la littérature qui se concentre davantage sur les progiciels de gestion intégrés et les Enterprise Resources Planning (ERP). A travers une démarche qualitative et l’analyse de trois projets de déploiement d’un MES, nous montrons que le type et l’intensité des freins liés aux ressources humaines, matérielles/techniques et immatérielles dépendent du degré d’implantation des fonctionnalités du MES. Cette recherche fournit ainsi des contributions à la fois en management de l’innovation et en gestion des systèmes d’information.