Compétitivité aigüe, marchés instables et changements rapides semblent caractériser le paysage des entreprises depuis une trentaine d’années. Cette situation a conduit les organisations à faire évoluer leurs modèles économiques et à accorder une importance substantielle à l’innovation. Ainsi, en termes d’innovation organisationnelle, le système centralisé, à logique unitaire et verticale aurait progressivement évolué vers un système davantage horizontal, fondé sur la pluralité des logiques et réticulaire. C’est dans cette veine qu’une augmentation accrue de la collaboration entre les entreprises s’est opérée. Cette collaboration s’est traduite notamment par le développement conséquent d’alliances stratégiques estimées pourtant fragiles, en raison des difficultés à les faire fonctionner de manière appropriée et des comportements asymétriques et opportunistes des structures partenaires. A cet égard, le principe de l’unité de commandement est remis en question et les objectifs collectifs et multiples de performance, ne serait-ce que financière, cohabiteraient. Cette dynamique estimée contradictoire exposerait ces structures à des risques d’échec. Ce constat serait d’autant plus vrai lorsque le structures de collaboration portent sur la recherche et développement (R&D). S’inscrivant dans la lignée des travaux relatifs à l’analyse des déterminants du succès de la collaboration inter-organisationnelle, cette recherche a pour objectif d’étudier l’influence du développement d’une capacité partenariale collective sur les risques collaboratifs dans les alliances de R&D en prenant comme champ d’observation les alliances de R&D biopharmaceutiques des organisations de recherche opérant à Toulouse (France). La réflexion menée aboutit à souligner les avantages de la capacité partenariale collective, à décomposer celle-ci en trois dimensions et à distinguer les risques collaboratifs relationnels des risques collaboratifs de non-performance.