Cet article propose une étude du processus d’évolution d’innovations organisationnelles publiques, comme conséquence directe de la recherche stratégique de performance de l’État. Il s’agit de reconstituer le cheminement complexe de l’innovation, depuis la décision de l’État-stratège, jusqu’à son application locale au sein d’un territoire déconcentré. L’articulation entre la décision dans les institutions, et les dynamiques managériales dans les organisations, lie le moyen-terme stratégique au court-terme opérationnel. Outre l’objectif d’équilibre budgétaire et de reddition des comptes, les enjeux des réformes se fondent sur les valeurs d’intérêt général des services publics, sur la qualité du service de l’usager/citoyen, ainsi que sur la mobilisation et l’adhésion de ses ressources humaines. Cette recherche permet de comprendre, sur un plan théorique, le « pourquoi » et le « comment » des innovations organisationnelles, et de définir, par une expérience pratique, le pilotage territorial d’un projet de réforme. L’étude empirique porte sur la DIRECCTE, futur service déconcentré du Ministère de l’Economie, de l’Industrie et de l’Emploi, issue de la fusion de dix services. Les travaux reposent sur le paradigme constructiviste, l’étude se veut qualitative, et la démarche, inductive. Les principaux résultats de l’article sont d’ordre managérial, et correspondent au pilotage opérationnel, par la prise en compte stratégique du tableau de bord prospectif, et de la sociologie de l’action publique dans les facteurs de changements organisationnels, avec la mobilisation et l’autonomie du personnel de terrain.